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慈濟大學醫學資訊學系的醫學資訊技術組著重醫學與資訊的跨領域學習，以資訊技術為基礎，醫學應用為目標。研究領域涵蓋醫療臨床輔助診斷、醫學影像分析、醫院資訊系統、老人照護、嵌入式系統、醫學資訊標準、生理訊號量測與分析、遠距醫療、醫學數位內容等方向。生物資訊組著重生物醫學與資訊的跨領域學習，以資訊技術為基礎，生物資訊應用為目標。研究領域涵蓋疾病與基因之關聯網路、次世代定序、生物統計、結構生物學、生物資訊工具設計等方向。